日本語 English
| 開講年度/ Academic YearAcademic Year |
20252025 |
| 科目設置学部/ CollegeCollege |
理学部/College of ScienceCollege of Science |
| 科目コード等/ Course CodeCourse Code |
CD123/CD123CD123 |
| テーマ・サブタイトル等/ Theme・SubtitleTheme・Subtitle |
|
| 授業形態/ Class FormatClass Format |
対面（全回対面）/Face to face (all classes are face-to-face)Face to face (all classes are face-to-face) |
| 授業形態（補足事項）/ Class Format (Supplementary Items)Class Format (Supplementary Items) |
|
| 授業形式/ Class StyleCampus |
講義/LectureLecture |
| 校地/ CampusCampus |
池袋/IkebukuroIkebukuro |
| 学期/ SemesterSemester |
春学期/Spring SemesterSpring Semester |
| 曜日時限・教室/ DayPeriod・RoomDayPeriod・Room |
水2/Wed.2 Wed.2 ログインして教室を表示する（Log in to view the classrooms.） |
| 単位/ CreditsCredits |
22 |
| 科目ナンバリング/ Course NumberCourse Number |
LFS3020 |
| 使用言語/ LanguageLanguage |
日本語/JapaneseJapanese |
| 履修登録方法/ Class Registration MethodClass Registration Method |
科目コード登録/Course Code RegistrationCourse Code Registration |
| 配当年次/ Assigned YearAssigned Year |
配当年次は開講学部のR Guideに掲載している科目表で確認してください。配当年次は開講学部のR Guideに掲載している科目表で確認してください。 |
| 先修規定/ Prerequisite RegulationsPrerequisite Regulations |
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| 他学部履修可否/ Acceptance of Other CollegesAcceptance of Other Colleges |
履修登録システムの『他学部・他研究科履修不許可科目一覧』で確認してください。 |
| 履修中止可否/ Course CancellationCourse Cancellation |
〇（履修中止可/ Eligible for cancellation） |
| オンライン授業60単位制限対象科目/ Online Classes Subject to 60-Credit Upper LimitOnline Classes Subject to 60-Credit Upper Limit |
|
| 学位授与方針との関連/ Relationship with Degree PolicyRelationship with Degree Policy |
各授業科目は、学部・研究科の定める学位授与方針（DP）や教育課程編成の方針（CP）に基づき、カリキュラム上に配置されています。詳細はカリキュラム・マップで確認することができます。 |
| 備考/ NotesNotes |
The field of bioinformatics has become essential in today's rapidly advancing life sciences as it allows the analysis of large amounts of experimental data on various phenomena. In this course, students will gain a foundational understanding of bioinformatics, a multidisciplinary field combining biology and computational science, by learning how to apply computational science concepts and perspectives to the study of life sciences.
Through hands-on experience with basic methods for analyzing information on genes, genomes, proteins, and other biological components, students will gain the skills necessary to identify appropriate tools and analysis methods for various research problems and develop the ability to formulate research plans.
This course provides students with hands-on training in acquiring and analyzing life science data using public databases and tools. Through the practical exercises and case studies, students will be encouraged to consider how these tools can be applied to understanding various life science phenomena of their interests. During class sessions, students will have dedicated time to work on hands-on exercises, but it is highly recommended that students review material outside of class time. Additionally, assignments and quizzes will be given throughout the course.
| 1 | オリエンテーション・バイオインフォマティクスの概要 |
| 2 | バイオインフォマティクス概要, 医学・生物学のための文献検索 |
| 3 | 医学・生物学のための文献検索・管理 |
| 4 | 核酸配列情報の解析（概要・データ取得） |
| 5 | 核酸配列情報の解析（類似配列検索） |
| 6 | 核酸配列情報の解析（ゲノムブラウザ） |
| 7 | 核酸配列解析のまとめ（実習） |
| 8 | タンパク質配列情報の解析（概要・データ取得） |
| 9 | タンパク質配列情報の解析（類縁配列検索） |
| 10 | タンパク質立体構造情報の解析（概要・データ取得・ツール紹介） |
| 11 | タンパク質立体構造情報解析のまとめ（実習） |
| 12 | メタゲノム解析・サンプリング実習 |
| 13 | タンパク質間相互作用ネットワーク |
| 14 | 解析パイプライン・システム生物学・隣接分野との関連 |
板書 /Writing on the Board
スライド（パワーポイント等）の使用 /Slides (PowerPoint, etc.)
上記以外の視聴覚教材の使用 /Audiovisual Materials Other than Those Listed Above
個人発表 /Individual Presentations
グループ発表 /Group Presentations
ディスカッション・ディベート /Discussion/Debate
実技・実習・実験 /Practicum/Experiments/Practical Training
学内の教室外施設の利用 /Use of On-Campus Facilities Outside the Classroom
校外実習・フィールドワーク /Field Work
上記いずれも用いない予定 /None of the above
課題の回数、合格の目安を初回の授業で説明します。初回に欠席する場合には資料を確認してください。課題に取り組む時間は、授業時間中にじゅうぶんにとるようにしますが、完了しきれなかった分は授業時間外学習となります。また文献を読む課題を1-2件設ける予定です。その時間は授業時間外にとっていただくことになります。
授業で用いた資料、課題は授業終了後に Canvas LMS で共有します。課題の提出もCanvas LMS で行います。
| 種類 (Kind) | 割合 (%) | 基準 (Criteria) |
|---|---|---|
| 平常点 (In-class Points) | 100 |
出席態度(75%) 実習課題(25%) |
| 備考 (Notes) | ||
なし/None
生命科学に関する様々な現象に対して、大量の実験データが得られています。一方でそれらのデータを解析し生命現象を理解するためには情報解析について経験することが必要です。バイオインフォマティクスは「生命科学」と「情報科学」の融合分野で、生命科学の発展に不可欠な分野となっています。
本講義では情報科学の視点や概念を用いることで生命科学を理解し，生命を構成する遺伝子やゲノム，タンパク質等の具体的な情報を，コンピュータを使って整理・解析するための基礎的な手法を修得します。これらは最低限の基本的なものですが、本講義で得た知識と経験をふまえ、問題に応じて必要なツールや解析手法を見極めて研究を計画する視座を得ることを目標とします。
The field of bioinformatics has become essential in today's rapidly advancing life sciences as it allows the analysis of large amounts of experimental data on various phenomena. In this course, students will gain a foundational understanding of bioinformatics, a multidisciplinary field combining biology and computational science, by learning how to apply computational science concepts and perspectives to the study of life sciences.
Through hands-on experience with basic methods for analyzing information on genes, genomes, proteins, and other biological components, students will gain the skills necessary to identify appropriate tools and analysis methods for various research problems and develop the ability to formulate research plans.
本講義では，主に公開データベースおよびツールを用いた実習を行い、生命情報データの取得方法や，それらを解析するために役立つツールの代表例を紹介します。実習や事例紹介を通して，将来的に各自が生命現象解明のために何を提示できるのかについて考え理解を深めていくための足がかりを提供します。
各回実習の時間を設けますが，時間が足りない場合もあるので配付資料などを利用して復習することを推奨します。また、実習の続きや予習、復習のためのレポート課題を出すことがあります。
This course provides students with hands-on training in acquiring and analyzing life science data using public databases and tools. Through the practical exercises and case studies, students will be encouraged to consider how these tools can be applied to understanding various life science phenomena of their interests. During class sessions, students will have dedicated time to work on hands-on exercises, but it is highly recommended that students review material outside of class time. Additionally, assignments and quizzes will be given throughout the course.
| 1 | オリエンテーション・バイオインフォマティクスの概要 |
| 2 | バイオインフォマティクス概要, 医学・生物学のための文献検索 |
| 3 | 医学・生物学のための文献検索・管理 |
| 4 | 核酸配列情報の解析（概要・データ取得） |
| 5 | 核酸配列情報の解析（類似配列検索） |
| 6 | 核酸配列情報の解析（ゲノムブラウザ） |
| 7 | 核酸配列解析のまとめ（実習） |
| 8 | タンパク質配列情報の解析（概要・データ取得） |
| 9 | タンパク質配列情報の解析（類縁配列検索） |
| 10 | タンパク質立体構造情報の解析（概要・データ取得・ツール紹介） |
| 11 | タンパク質立体構造情報解析のまとめ（実習） |
| 12 | メタゲノム解析・サンプリング実習 |
| 13 | タンパク質間相互作用ネットワーク |
| 14 | 解析パイプライン・システム生物学・隣接分野との関連 |
板書 /Writing on the Board
スライド（パワーポイント等）の使用 /Slides (PowerPoint, etc.)
上記以外の視聴覚教材の使用 /Audiovisual Materials Other than Those Listed Above
個人発表 /Individual Presentations
グループ発表 /Group Presentations
ディスカッション・ディベート /Discussion/Debate
実技・実習・実験 /Practicum/Experiments/Practical Training
学内の教室外施設の利用 /Use of On-Campus Facilities Outside the Classroom
校外実習・フィールドワーク /Field Work
上記いずれも用いない予定 /None of the above
課題の回数、合格の目安を初回の授業で説明します。初回に欠席する場合には資料を確認してください。課題に取り組む時間は、授業時間中にじゅうぶんにとるようにしますが、完了しきれなかった分は授業時間外学習となります。また文献を読む課題を1-2件設ける予定です。その時間は授業時間外にとっていただくことになります。
授業で用いた資料、課題は授業終了後に Canvas LMS で共有します。課題の提出もCanvas LMS で行います。
| 種類 (Kind) | 割合 (%) | 基準 (Criteria) |
|---|---|---|
| 平常点 (In-class Points) | 100 |
出席態度(75%) 実習課題(25%) |
| 備考 (Notes) | ||
なし/None